高拱去世六十六年后，满洲入主中原，建立大清。又过了二十九年，乃康熙十二年，六部衙门接到一张禀帖，是前朝大学士张居正幼子允修之孙、荆州府生员张同奎呈进的，但见上写着：
温纶出自圣朝，先帝之洪恩广被；微功掩于仇口，故相之幽迹堪怜。乞布仁慈，削史诬、革戏嘲，以维直道，以作尽荩。
原来，早在前朝天启二年，户部左侍郎等合词为张居正请恤，经朝议，认为张居正辅政十载，功不可泯，准复原职，予祭葬，谥号酌改，房屋未变价者准给子孙奉祠居住。崇祯十三年，皇上又下旨复张居正子弟原官。但朝野仍视张居正为权奸。坊间流传的私家所著前朝史书，将张居正与严嵩并列奸臣传，称他“残害忠良，荼毒海内，乃奸人之雄，忘生背死之徒，包藏祸心，倾危同列，狗彘不食其余！”坊间广为流行的戏剧《朝阳凤》，把张居正刻画为大奸巨贪，极尽嘲讽挖苦之能事。荆州张家后人越发抬不起头来。张同奎一气之下，赴京上书，乞求朝廷削史诬、革戏嘲。
此时的礼部尚书是熟知前朝掌故的龚鼎孳。他是崇祯年间的进士，授兵科给事中。李自成攻入北京后，他投降大顺军；清军入关后，再降多尔衮，被原职留用，目下颇得皇上赏识。他接到禀帖，差人答复张同奎，朝廷正在修《明史》，届时一定给张居正辩诬，戏剧《朝阳凤》，朝廷必下旨，严劈其戏板，永不许做；又请他将家中收藏的先祖史料呈于朝廷，以备修史之用。
修史诸臣得江陵张家所献史料，阅览一遍，感慨系之：“世人对居正甚恶，可史家不能意气用事。神宗初年，居正独持国柄，后毁誉不一，迄无定评。要其振作有为之功，与威福自擅之罪，俱不能相掩。”遂以此基调修成张居正传。
与此同时，在长达近百年的修撰《明史》过程中，对高拱的评价遇到了前所未有的麻烦。高拱的著述里，充斥着“鞑虏建彝”这样的字眼，且其靖边之功最为昭著；但大清忌讳“虏”字，皇上甚至下令禁毁高拱关涉边务的著作。无奈之下，见王世贞《首辅传》里的高拱传，几无对高拱功绩的记载，也甚少关涉“鞑虏建彝”，索性将其改头换面照搬过来，搪塞了事。