殷正茂得知花腰峰已被稳住，梁有训已从金锡都撤退，当即率亲兵三千出了惠州城，到前线督师，设行辕于潮阳县东南二十里的海门城。
海门城始建于洪武年间，坐临大洋，城墙高两丈，周围九百七十丈，有四门，乃海防要塞，殷正茂在城内千户所千户署设下军帐，传檄俞大猷、王诏两路大军同时向马耳澳进发。
传令中军刚要出发，许瑞拦住，对殷正茂道：“军门，时下海上多西南风，从海丰来者顺风，一二日可到马耳澳；由铜山去马耳澳为逆风，两军应审风势，约期同时到达，不的，不是被林道乾各个击破，就是让他逃脱。”
“喔呀！差点误了大事！”殷正茂猛醒，“你给掐算下时日，再传檄。”
此时，梁有训已回到马耳澳，向林道乾禀报了官军动向。
“他郎奶的，不能坐以待毙，老子给他来个出其不意！”林道乾吐了口唾沫道。
“大帅说的是。”梁有训道，“我当东去，与俞大猷一战，若胜则回师对付王诏，若不敌，可遁去外洋，再作计较。”
计定，林道乾率大船五十艘、小船八十艘，倾巢出动，向铜山突袭。
俞大猷接到殷正茂的令檄，率大小船一百零五艘，将士万余，排成扇形，向马耳澳围拢而来，刚出铜山，忽闻林道乾海船冲来，急命迎战。自随佛朗机人追击林道乾，惊诧于佛朗机战船火器的厉害，俞大猷在战船上，就设置了仿古火器之制制成的铁棒雷飞、母子火兽等炮，另有最能及远的涌珠大炮。遂下令以火炮向敌船猛轰。
林道乾在海上多年，身经百战，手下喽啰又习于海，操纵舟船甚是谙熟、灵活，遂以小舟四处突袭，两军激战，火光冲天，海浪四溅。
激战一昼夜，难分胜负，梁有训建言道：“大帅，看这阵仗，不必恋战，向拓林撤退吧！”
“也罢，好汉不吃眼前亏！”林道乾决断说。
海贼边战边撤，乘潮退转头向拓林方向逃遁。
许瑞闻林道乾已主动出袭，忙率队追击，侦知主力逃至柘林，意欲与在那里的部属会合，并将藏匿于此的宝藏带走，忙向殷正茂禀报。
殷正茂令王诏追击，直追至玄钟澳方停，当日泊入港湾，相度风势再战。过了两天，俞大猷率部赶到。许瑞查勘风向、风势，以为可出港再战，殷正茂遂下令两路向柘林冲击。
林道乾刚把藏匿于拓林的财宝装上船，官军围剿而来，只得下令应战，边战边向深海撤退。火炮声、船只撞击声，震天动地，激战一昼夜，众海贼四散溃逃，林道乾率残部向深海逃遁。
许瑞奉殷正茂之命四处侦查，一说林道乾逃往暹罗北大年；一说林道乾已投水而死。
“不管林道乾是死是逃，总之沿海大股倭患已消除矣！”殷正茂闻报大喜道，他终于畅出口气，大声吩咐，“报捷！”
“军门，罪民冒昧说一句逆耳之言：倭患，除不了。”许瑞小心翼翼地说。
“嗯？怎么说？”殷正茂瞪眼问。
许瑞道：“军门可知，潮州百姓种地的，都是老弱病残，壮丁都去逐海洋之利，往来海上如履平地，若不开海禁，潮州的百姓都是海贼，哪里剿得尽？堂堂正正开了海禁，百姓光明正大做生意，那时海贼就不难剿灭了。”
“广东开海禁？”殷正茂沉吟良久，“此事体大，本部堂不敢冒然奏请，还是先投书新郑相请示后再说。”
许瑞又道：“军门，以罪民看，广东的出路在海上，只要堂堂正正开了海禁，百姓有了活路，哪里还有那么多山寇海贼？此后官府要稳定广东，也得重海防。罪民在海上漂泊多年，深知广东海防委实不严，军门当奏请朝廷，加意海防。”
殷正茂听了许瑞一番话，冷静了许多。他没有急于报捷，而是先召集幕僚，商榷良久，写成加强海防的条陈；又给高拱修书，建言广东开海禁；捷报则对此番剿倭战况，轻描淡写，重点为许瑞请功。
高拱从文华殿看视太子讲学回到内阁，看到了殷正茂的条陈和捷报，多日来的愁容为之一展，欣喜不已，道：“昨日还在说殷正茂，今日就有捷报来！叔大，批兵部议复吧！”又道，“殷正茂失利时当鼓励，今日他取胜，倒是要压他一压。”
张居正则是眉头紧锁：“照殷正茂条陈，广东光武将就要增设多个，兵马必随之增加。目今当紧缩，他却要扩张。国库何日能充盈？”